Seit dem Jahr 2000 besteht eine enge Kooperation zwischen der Fondazione Marguerite Arp und der Heinrich Gebert Kulturstiftung Appenzell. Ihre hauptsächlichen Ziele sind die Bewahrung der Fondazione Marguerite Arp in ihrer heutigen Form, die regelmässige Präsentation von Werken Hans Arps in Appenzell und die gemeinsame Konzeption von Ausstellungen. Diese auf eine Initiative von Heinrich Gebert zurückgehende Stiftungsallianz hat auch den Bau des neuen Depot- und Ausstellungsgebäudes des Zürcher Architekturbüros Gigon/Guyer in Locarno ermöglicht.